這 七次整修之中較特殊的是嘉慶八年(1803年)第四次整修時增建了觀音佛祖殿(法蓮寺)一座。
佛 祖殿的落成攸關日後城隍廟的興衰甚大。建佛祖殿的原因有兩種說法，第一是城隍爺親自下旨的，因為佛祖殿的興建才讓城隍廟在日據時代未被拆除任何廟地。
原
來城隍廟的左進為一塊空地，上有古井一座。相傳城隍爺的兵馬均由此井進出。當神旨要求在此建觀音佛祖殿時，眾人尚無法瞭解其涵義。況且若在該地建殿，古井勢必封死。故經請示後井可以不封，以石板覆蓋即可，殿還是要建。此殿在一八五六年(咸豐五年)又整建一次。原古井則位於佛祖殿天井中間，以石版覆蓋已看不出蹤跡。
直
到一八九五年日人據台，為消滅台人之民族意識，乃有意將道教在台灣人的心中連根拔起，於是規定除佛教以外不准信奉道教。在戶口登記時，宗教信仰一欄若自稱信仰道教者一律登記為佛教。另外又以日本佛寺所供奉的神像為準，若供奉的非日本流行的神像者均稱之為神教，神像沒收，廟產交管理者自行處置。這些管理者中有私心者變賣廟產據為己有；虔誠者守著空廟不敢或離。故台灣光復後台灣許多廟宇有廟無神。
惟
新竹都城隍廟於日人前來沒收神像時，有人帶日本官員到佛祖殿指稱這是佛教的寺廟，供奉的是觀世音菩薩。由於觀音是佛教的神為日人所熟悉，城隍爺於是得以保存下來。新竹城隍的靈驗至此可知一般。
至
於所沒收的神像則由天皇指派大臣致祭，其祭文似通非通，略謂：「神本應在天上，神置于地上是大不敬，謹派大臣致祭，送神上天」，然後付之一炬。於是台灣的道教信仰遭逢空前的浩劫。而新竹都城隍廟在此浩劫中卻能綿綿相傳，實為台灣人的福份所致。
不
過有人說其實建佛祖殿只是為了招待女眷方便而已，這是第二種說法。