之牡丹社事件卻令清廷意識到台灣情勢十分危急而開始重視起來。該事件原是琉球漁船遇風沉沒，琉球漁民從屏東上岸時被當地之原住民所殺。此事原與日本無關，但日本據此向清廷問罪。清廷卻答以「化外之民(生番)非本朝所能轄制者」。

次 年西元一八七五年(光緒元年)淡新分治，經一八七五及一八八五兩次變格，全台分成三府。原台灣府改稱台南府，台中則稱台灣府，台北為台北府。 台北府治仍延用原新竹淡水廳署。新竹縣城隍於是按照府格晉升為「綏靖侯，新竹府城隍」。台北府治於一八七八年(光緒四年)遷至台北艋舺(萬華)。

西 元一八八三年(光緒九年)發生中法戰爭，清廷要求福建巡撫劉銘傳移駐台灣上班。此時法軍因在安南戰事失利於西元一八八四年轉攻基隆，激戰半年之久，法軍死傷無數終無法越雷池一步。最後清廷以割讓安南結束戰爭。翌年(一八八五年即光緒十一年(台灣)含澎湖)建省。首任巡撫由劉銘傳留任，並把中法戰爭中在安南屢建奇功的劉永福所部黑旗軍移防台灣。

清 廷規定地方官員每年必須在城隍廟舉行春秋二祭。淡水廳幅員廣大，初期甚至廣達宜蘭。春秋二祭許多官員攜家帶眷來到竹塹城，而祭典中女眷禁止參與，為了女眷有地方可去，於是建了法蓮寺讓女眷

有地方可以參拜，當然後來日據時期城隍廟變成了佛教寺廟，應是無心插柳的結果。

清 廷對台灣原本不十分重視；台灣官員也都由福建指派，有被外放的感覺，所以對於台灣的建設並不十分熱中。但一八七一年

日本即稱：「化外之民所居應為化外之地，人人得取而得之」。於是由【西鄉從道】於西元一八七四年率領兵艦自屏東上岸大肆屠殺一番，並留駐達半年之久，

後因士兵癘病及英美兩國干涉才撤離。此時清廷朝中分成兩派，一派以台灣孤懸海外守之不易，主張予以放棄；另一派以沈保禛為主，則

認為百年來外患均來自東南沿海，台灣正好守住國家之門戶，故不但不能放棄而且更應加強其防務。清廷採納沈保禎的意見命其為欽差大臣辦理台灣等地海防。沈保禛到台灣後興建恒春城於屏東。後又銜命創立南洋艦隊，台灣為其防務範圍之內。